Santé et Science

Microbes mangeurs de bactéries : mieux que des antibiotiques !

Il y a urgence à trouver des substituts aux antibiotiques, disent les scientifiques. À Québec, on contribue à réactiver une thérapie très populaire il y a 100 ans : les microbes mangeurs de bactéries. Et on les trouve dans des endroits bien étonnants…

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Crédit : David Mack / Science Photo Library

Dans un sous-sol sécurisé de l’Université Laval, à Québec, des centaines d’éprouvettes sont entassées dans des frigos depuis des décennies. Les virus stockés à l’intérieur sous forme de poudre ou de liquide jaunâtres sont de redoutables armes biologiques, capables d’anéantir leurs ennemis en quelques heures. Mais ils pourraient bien nous sauver la vie !

Nous sommes au Centre de référence pour les virus bactériens Félix d’Hérelle, qui abrite la plus grande collection publique au monde de phages de référence — le mot « phage » étant un raccourci du mot « bactériophage », littéralement « mangeur de bactéries ». Pas de danger : ces virus sont sans effet sur les cellules des humains, pas plus que sur celles des plantes ou des animaux. Ces microbes ne s’attaquent qu’aux bactéries. Certains les infectent sans leur causer grand tracas. D’autres les font exploser.

Alors que de plus en plus d’infections bactériennes résistent aux antibiotiques, on espère pouvoir recourir aux phages pour diminuer l’usage de ces médicaments et les remplacer là où ils ne fonctionnent plus. Depuis cinq ans, la science avance à grands pas. Des chercheurs de 34 pays ont utilisé les échantillons du Centre Félix d’Hérelle pour mieux comprendre ces drôles de microbes.

Les phages ont l’avantage d’être omniprésents dans l’environnement : il y en aurait 10 fois plus que de bactéries ! « On en a notamment plein sur le corps et dans les intestins », souligne Sylvain Moineau, professeur à l’Université Laval et conservateur de la collection. En fouillant dans des eaux usées ou directement dans le génome de bactéries, les chercheurs ont trouvé des phages capables d’anéantir des dizaines de pathogènes, comme les bactéries E. coli ou les salmonelles. À Montréal, les scientifiques de Biophage Pharma, entreprise pionnière dans ce domaine, en ont repéré un qui tue le staphylocoque doré résistant à la méticilline, communément appelé SARM, une infection nosocomiale majeure.

Contrairement aux antibiotiques, des armes de destruction microbienne massive, les phages sont très sélectifs : chacun infecte une bactérie bien précise, qu’il faut donc caractériser au préalable. « Toute la difficulté consiste à trouver le bon phage pour la bactérie à éliminer », résume Rosemonde Mandeville, qui a fondé Biophage en 1995 pour exploiter le potentiel de ces virus.

L’idée n’est pas nouvelle. Elle remonte à Félix d’Hérelle, biologiste né en France en 1873, mais qui vécut plusieurs années à Longueuil avant de sillonner le monde à la recherche de traitements contre les grandes maladies infectieuses de son époque. En 1917, Félix d’Hérelle découvre un microbe qui tue le bacille de la dysenterie. Il le baptise « bactériophage », mangeur de bactéries.

Dans les années 1920 et 1930, la thérapie par les phages devient très populaire. Elle sombre toutefois dans l’oubli après la Deuxième Guerre mondiale, remplacée par les antibiotiques, faciles à fabriquer et très efficaces.

Aujourd’hui, seuls la Russie et quelques pays de l’Est ont conservé ce vieux remède. À Tbilissi, en Géorgie, l’Institut Eliava accueille des patients de partout dans le monde aux prises avec des infections incurables par les antibiotiques. Certaines guérisons sont spectaculaires. Le quotidien français Le Monde rapportait récemment le cas d’une jeune femme que quelques semaines de traitement ont sauvée de l’amputation d’une jambe !

En France, le médecininfectiologue Olivier Patey voudrait pouvoir soigner ses patients avec des phages. « Après quelques années d’essais, on a dû renoncer, car jamais les autorités sanitaires n’auraient accepté », m’explique-t-il entre deux voyages à Tbilissi, où il continue d’accompagner des malades.

C’est que toute la science est à refaire pour adapter la phagothérapie aux standards de qualité occidentaux. « On a bien trouvé des phages dans les ampoules buvables qu’on vend à l’Institut Eliava, mais on ne sait pas trop d’où ils viennent. Il n’y a aucune donnée claire sur l’efficacité et la sécurité du traitement, et on a bien du mal à décrypter la vieille littérature scientifique russe à ce sujet », raconte Sylvain Moineau.

En Europe et aux États-Unis, quelques essais cliniques en bonne et due forme ont démarré, comme l’initiative Phagoburn, financée par l’Union européenne, qui teste les phages contre les infections des plaies provoquées par des brûlures. D’autres essais semblent montrer que le traitement fonctionne aussi pour guérir des otites chroniques ou des infections pulmonaires. Au Bangladesh, des chercheurs financés par la société Nestlé essaient de guérir des bébés atteints de diarrhée avec des phages. Et l’armée américaine a lancé plusieurs projets de recherche sur les phages afin de protéger ses soldats contre les bactéries résistantes.

 

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Le professeur Sylvain Moineau et l’équipe du laboratoire qu’il dirige à l’Université Laval ont trouvé des phages capables d’anéantir des dizaines de pathogènes, comme les bactéries E. coli ou les salmonelles. – Photo : CRSNG / Lipman 2013

Dans l’industrie alimentaire, on a aussi commencé à utiliser ces virus depuis que la Food and Drug Administration américaine en a autorisé l’usage, en 2006. Au Canada, les entreprises peuvent en vaporiser directement sur des aliments, pour protéger des charcuteries, du poisson fumé, des fromages ou des légumes préparés contre la Listeria, pour éliminer les salmonelles sur les carcasses de poulet ou combattre le chancre bactérien qui fait pourrir les tomates. On en a donc tous déjà mangé ! En juillet dernier, le ministère de la Santé du Canada a aussi autorisé les producteurs de bétail à traiter la peau de leurs animaux avec un phage qui détruit E. coli. Mais la phagothérapie chez l’humain progresse encore « à la vitesse d’un escargot au galop », selon le Dr Olivier Patey. Les règles d’approbation des médicaments ne sont pas bien adaptées à ces produits. Les sociétés pharmaceutiques s’y intéressent peu, car il faut concocter une recette sur mesure pour chaque type d’infection, et les essais cliniques qu’il faudrait multiplier pour aller de l’avant sont coûteux. En 1940, l’entreprise américaine Eli Lilly vendait pourtant sept types de phages, dont un contre les staphylocoques. Elle y revient tout doucement aujourd’hui avec sa filiale Elanco, qui vend certains des phages destinés à l’industrie alimentaire.

« Bien des gens considèrent encore la phagothérapie comme une médecine douce pas très sérieuse, sans compter que l’idée de se soigner avec des virus fait peur », dit Louis-Charles Fortier, professeur à l’Université de Sherbrooke. Au lendemain d’une éclosion de bactéries C. difficile qui a fait des dizaines de morts au Québec en 2004 et 2005, ce microbiologiste avait obtenu des fonds des Instituts de recherche en santé du Canada pour chercher des phages capables de SCIENCE Mieux que des antibiotiques ! s’attaquer à cette bactérie, qui pullule dans l’intestin des gens traités par des antibiotiques. « Malheureusement, ma subvention s’est terminée avant que j’en aie trouvé », regrette le chercheur, qui considère cependant que cette piste reste très prometteuse.

« C’est triste à dire, mais tant qu’il n’y aura pas une crise majeure mettant en jeu des antibiotiques, on n’encouragera guère la recherche sur les phages », dit Louis-Charles Fortier. Signe du peu d’intérêt des pouvoirs publics, le gouvernement fédéral a supprimé il y a deux ans son soutien au Centre Félix d’Hérelle, l’amputant ainsi de la moitié de son budget.

Selon un avis récent des Centers for Disease Control (CDC) américains, pourtant, il y a urgence à trouver des solutions de rechange aux antibiotiques. L’an dernier, deux millions d’Américains ont contracté une infection à une bactérie résistante, et 23 000 en sont morts. Selon les CDC, ces « superbactéries » coûteraient déjà 20 milliards de dollars par an au système de santé américain. Au Québec, l’an dernier, l’Institut national de santé publique a recensé plus de 3 500 infections nosocomiales par des entérocoques résistants à la vancomycine, un phénomène inconnu il y a seulement huit ans.

Le problème ne se limite pas aux hôpitaux. Dans le monde, un demi-million de personnes ont contracté l’an dernier une forme de tuberculose résistante, qui menace d’anéantir des décennies de progrès contre cette maladie. Et selon l’Organisation mondiale de la santé, on se dirige tout droit vers une épidémie mondiale de gonorrhée, une infection sexuellement transmissible. Au Québec, 35 % des cas ne répondent plus au traitement classique par la ciproflaxine, alors qu’en Europe et en Asie des souches incurables par les derniers antibiotiques efficaces, les céphalosporines, ont commencé à circuler. L’avenir dira si la solution viendra d’un microbe !