La revanche des bactéries
Santé et Science

La revanche des bactéries

Au rythme où les bactéries deviennent résistantes aux antibiotiques, on pourrait bientôt revivre l’époque où une banale infection représentait un danger mortel. Heureusement, la riposte s’organise.

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Dix millions de morts par an en 2050, et 100 000 milliards de dollars de pertes économiques d’ici là. Voilà, si rien n’est fait, ce que causera la résistance aux antibiotiques et autres antimicrobiens, selon un rapport remis au gouvernement britannique en 2014. Déjà, un demi-million de personnes meurent chaque année, estime l’Organisation mondiale de la santé, parce que des micro-organismes (bactéries, virus, champignons ou parasites) survivent aux médicaments conçus pour les éliminer. Tous les pays sont concernés. « Comme pour les changements climatiques, on a besoin d’une riposte planétaire », insiste l’infectiologue suédois Otto Cars, fondateur de ReAct, la première ONG mondiale à militer pour que les autorités publiques et le secteur privé s’attaquent sérieusement à ce fléau.

Les micro-organismes, qui suivent les lois de la sélection naturelle, s’adaptent rapidement à ce qui les menace. Il n’a fallu que quelques années après la découverte de la pénicilline, en 1928, pour trouver les premières bactéries résistantes à cet antibiotique. À mesure que de nouvelles molécules ont été commercialisées, le nombre de bactéries résistantes n’a cessé d’augmenter. Et notre arsenal pour les combattre n’a guère évolué.

Depuis 30 ans, presque aucun nouvel antibiotique n’a vu le jour. Dans les années 1980, les sociétés pharmaceutiques ont arrêté la recherche, préférant se concentrer sur le traitement des maladies chroniques, en nette progression. Pendant ce temps, l’humain a contribué à fournir aux bactéries des occasions de perfectionner leur défense. L’usage des antibiotiques en santé animale a explosé, car ils facilitent l’élevage intensif du bétail, de la volaille et des poissons. On en utilise même pour traiter certaines cultures. Dans l’environnement, ou dans nos intestins, les bactéries se transmettent entre espèces leur capacité de résister, nous transformant tous en incubateurs à multirésistances.

Résultat, on peine à traiter de nombreuses maladies bactériennes, comme la tuberculose. « Il ne reste plus qu’un antibiotique oral efficace contre les souches de gonorrhée qui circulent dans le nord du Canada. Bientôt, il va falloir passer aux antibiotiques en intraveineuse, beaucoup plus lourds à administrer », s’inquiète Marc Ouellette, professeur à l’Université Laval et titulaire de la Chaire de recherche du Canada sur la résistance aux antimicrobiens.

Le problème menace aussi les personnes rendues plus sujettes aux infections par une chimiothérapie ou une greffe, par exemple, ou celles qui viennent de subir une opération ou ont des plaies ouvertes. Si la tendance se maintient, on guérira de plus en plus des cancers… mais on mourra des microbes attrapés pendant la chimiothérapie ! « On atteint un seuil critique », insiste Otto Cars, qui surveille la progression de la résistance depuis les années 1990.

À 72 ans, ce professeur à l’Université d’Uppsala vient d’être nommé par les Nations unies pour coordonner une riposte mondiale. « En 2001 déjà, l’OMS avait élaboré un plan de bataille, mais il n’a jamais été mis sur pied, faute de moyens. En 2016, elle en a publié un nouveau, et cette fois, on a l’impression que le message passe auprès des gouvernements et des autres organisations onusiennes. Ça bouge vraiment ! Mais est-ce que ce sera trop peu, trop tard ? Ça reste à voir. »

Pour éviter la catastrophe, il faudra s’attaquer au problème en quatre étapes… pas faciles !

Illustration : Paule Thibault

1 – Doper la recherche

Du point de vue d’une société pharmaceutique, mettre au point un antibiotique n’est pas une bonne affaire. Pour récupérer les millions investis en recherche, il faudrait vendre ce nouveau médicament pendant longtemps et à beaucoup de patients. Or, un antibiotique est prescrit pour quelques jours, à la différence d’un médicament contre l’hypertension ou le diabète. Mais surtout, pour préserver son efficacité, les médecins devront l’utiliser le moins souvent possible.

« Pour aider les sociétés pharmaceutiques à rentabiliser leur investissement, les autorités publiques peuvent financer une partie de la recherche sur les antibiotiques et négocier des arrangements avec les entreprises pour qu’elles retirent plus d’argent de leurs autres médicaments en échange », explique Marc Ouellette, qui est aussi directeur scientifique de l’Institut des maladies infectieuses et immunitaires du Canada, l’organisme fédéral qui subventionne la recherche dans ce domaine.

Ces mesures, discutées notamment lors de sommets du G7, du G20 et au Forum économique mondial de Davos, commencent à porter leurs fruits. Ottawa, par exemple, consacre environ 20 millions de dollars par an à la recherche de nouveaux antimicrobiens, en partenariat avec l’industrie. « Déjà, on comprend mieux les mécanismes biochimiques qui font qu’une bactérie devient résistante, ce qui permet de modifier les antibiotiques existants ou de les coupler à d’autres molécules qui inhibent le mécanisme de résistance », explique Albert Berghuis, titulaire de la Chaire de recherche du Canada en biologie structurale. Dans les labos des universités, des dizaines de molécules sont prêtes pour les tests à plus grande échelle de l’industrie.

Une cinquantaine d’antibiotiques, pour la plupart inspirés des médicaments existants, sont à l’étape des essais cliniques, et une dizaine seront prêts à être commercialisés d’ici cinq ans, selon l’OMS. « Ces produits ne seront pas efficaces longtemps, mais ils vont nous permettre de gagner du temps », estime Otto Cars.

Illustration : Paule Thibault

2 – Faire le ménage

Bonne nouvelle, le grand ménage des antibiotiques consommés inutilement par les humains et les animaux d’élevage s’accélère : selon l’OMS, 90 % des humains vivent dans des pays où les autorités essaient d’en diminuer l’usage. En 2017, comme d’autres, le Canada a publié son plan d’action. De nombreux organismes ont changé leurs lignes directrices ou interdit certaines ordonnances. Par exemple, en 2016, la Société canadienne de pédiatrie a révisé ses recommandations pour le traitement des otites, car les études ont montré que même des otites bactériennes guérissent souvent aussi vite et aussi bien sans antibiotiques.

Les producteurs de poulet du Canada, pour leur part, ont interdit en 2014 l’usage préventif des antibiotiques de la catégorie 1, dont certains, comme le ceftiofur, étaient injectés dans les œufs. La mesure a eu les effets escomptés : selon les analyses de 2017, le pourcentage d’E. coli et de salmonelles résistant au ceftiofur a baissé dans les productions avicoles du Québec. L’OMS recommande qu’aucun antibio ne soit donné à titre préventif à des animaux sains. Mais ni le Canada ni les États-Unis n’ont encore renié cette pratique, déjà bannie dans plusieurs pays européens.

Au Canada, à compter de la fin 2018, tous les antibiotiques donnés aux animaux devront avoir été prescrits par un vétérinaire. Mais dans de nombreux pays en développement, ils sont encore en vente libre, même pour les humains ! « Il va falloir débloquer des fonds pour les aider à revoir leurs pratiques », insiste Otto Cars, dont l’ONG aide les petits pays à passer à l’action.

Illustration : Paule Thibault

3 – Diminuer les besoins

Dans les hôpitaux, la colistine est un antibiotique de dernier recours. Mais dans l’industrie porcine, cette molécule est utilisée pour prévenir la diarrhée à E. coli que contractent les porcelets après leur sevrage. Depuis l’an dernier, Prevtec Microbia, une entreprise dérivée de l’Université de Montréal située à Saint-Hyacinthe, a une solution de rechange à proposer : un vaccin.

« Même s’il est plus cher à l’achat, on a fait la preuve qu’il est efficace et concurrentiel par rapport aux traitements antibiotiques », précise Michel Fortin, président de Prevtec. Déjà, 40 % des porcelets sur les 21 millions qui naissent chaque année au Québec le reçoivent. « On en prépare un autre pour les poulets. Depuis que les règles sur les antibiotiques se resserrent, les multinationales de la santé animale sont à l’affût de nouveaux vaccins et il y a beaucoup d’investissements dans ce secteur », observe l’homme d’affaires. À lui seul, le marché chinois des vaccins pour les animaux d’élevage est estimé à 1,8 milliard de dollars. En aquaculture, les vaccins ont quasiment éliminé les antibiotiques utilisés auparavant pour l’élevage des saumons.

De son côté, l’Inde, qui joue un rôle majeur dans l’émergence de bactéries multirésistantes, a pris conscience de l’urgence de combattre leur dissémination. Cent millions de latrines doivent être installées d’ici la fin de 2019. « Cette seule mesure pourrait ralentir la propagation de la résistance à l’échelle de la planète », estime Marc Ouellette. Mais en Inde comme ailleurs, il reste énormément à faire : 80 % des eaux usées de la planète, dans lesquelles se concentrent les bactéries résistantes, ne sont pas traitées !

Illustration : Paule Thibault

4 – Ruser

L’an dernier, un Américain qui avait contracté une bactérie intraitable a été sauvé in extremis par un cocktail de bactériophages, des virus qui tuent les bactéries. « Il y a toutefois peu de chances que les phages soient utilisés à la place des antibiotiques, car il est très difficile de trouver ceux qui sont efficaces. Mais ils pourraient être de bons compléments », explique Sylvain Moineau, spécialiste mondial de ces virus. Le chercheur de l’Université Laval teste cette approche pour diminuer le nombre de bactéries salmonelles qui contaminent les fruits et légumes. « Il faut espérer qu’on saura préserver l’efficacité des phages, auxquels les bactéries peuvent aussi devenir résistantes », indique-t-il.

Dans son labo de l’Institut national de la recherche scientifique, à Laval, le professeur Éric Déziel regarde comment les bactéries communiquent entre elles pour déclencher leur attaque et émettre des toxines seulement lorsqu’elles sont en assez grand nombre. En brouillant les messages qu’elles se transmettent, il espère rendre des bactéries moins dangereuses sans pour autant les tuer. « Cette approche serait moins menaçante pour les bactéries et elles évolueraient alors moins vite pour résister au traitement », croit-il.

Le chercheur s’intéresse aussi aux antibiotiques sécrétés… par les bactéries elles-mêmes, pour se défendre contre leurs congénères. Avec des techniques de métagénomique, il vient ainsi d’isoler un nouvel antibio potentiellement efficace contre le staphylocoque doré résistant à la méthicilline, le SARM, une des bactéries multirésistantes les plus inquiétantes au Canada.

« Il y a beaucoup de recherche fondamentale sur de nouvelles solutions de rechange ou des compléments aux antibiotiques : les probiotiques, la transplantation fécale — très efficace contre la bactérie C. difficile —, des traitements d’immunothérapie… Tout cela va alimenter le pipeline de recherche clinique des sociétés pharmaceutiques », croit Marc Ouellette.

Pour la recherche aussi, il faut mieux s’organiser pour être plus efficace, ajoute Otto Cars. Le Suédois veut inciter l’ONU à mettre sur pied une organisation mondiale de la recherche sur la résistance aux antimicrobiens, à l’image du GIEC, qui examine les changements climatiques. « S’ils veulent gagner contre les microbes, les humains vont devoir faire front commun ! »