Faut-il avoir peur… de bousiller son microbiome?

La mode du microbiome a donné naissance à un business florissant de suppléments alimentaires, probiotiques, livres de recettes censées soigner votre «deuxième cerveau». Méfiance!

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Il y a six ans, quand j’ai publié ce grand reportage sur le microbiome dans L’actualité, le mot était encore inconnu de la plupart des gens. L’idée même que notre corps abrite une immense variété de microbes, sans doute bien plus même que ce qu’il compte de cellules humaines, paraissait alors assez saugrenue. Mais en quelques années, le concept s’est popularisé à un rythme fou. La preuve? Tapez «microbiome» dans le moteur de recherche d’un site comme Amazon et vous y trouverez pas moins de 200 ouvrages, pour la plupart destinés au grand public, qui vous expliqueront pourquoi vous devez absolument choyer les microbes que vous portez en vous, en vantant tel ou tel régime qui vous permettra de vous débarrasser ou de vous protéger d’innombrables maladies. C’est la grande mode du moment!

Il y a quelques bons livres de vulgarisation parmi ceux-ci, comme Mille milliards d’amies: comprendre et nourrir son microbiome, de la journaliste Marianne Desautels-Marissal, qui expose bien l’état de la recherche sur ce sujet et fait la part des choses entre ce que l’on sait aujourd’hui de manière à peu près certaine, et ce qui relève encore de la pure spéculation.

Mais d’autres vont plus loin et prennent leurs rêves pour la réalité: domptons nos microbes (comme si c’était facile) et tout ira mieux (comme si la partie non bactérienne de notre corps était devenue une entité négligeable)! On comprend les scientifiques qui participent à cette grande aventure d’être excités par les nouvelles découvertes et de vouloir les communiquer au plus grand nombre, comme le font les chercheurs américains Erica et Justin Sonnenburg dans leur livre L’étonnant pouvoir du microbiote (au sens strict, rarement respecté, le microbiote désigne la population de microbes, alors que le microbiome renvoie à l’ensemble de leurs gènes). Mais quand ces chercheurs écrivent en sous-titre que «poids-humeur-santé, tout se passe dans votre intestin», ils poussent le bouchon un peu loin!

Devant cette mode du tout-microbiome, de nombreux scientifiques, y compris des spécialistes, invitent à faire preuve d’une bonne dose de scepticisme: les chances de se tromper sont grandes quand on tente de mettre en application ce qui ne constitue encore aujourd’hui que des connaissances partielles quant au rôle que jouent les microbes dans le corps humain.


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Un exemple? En 2011, il y a seulement cinq ans, une vaste étude internationale dont les résultats avaient été publiés dans la prestigieuse revue Nature était arrivée à la conclusion que tous les êtres humains se classent en trois grands «entérotypes», selon la composition de leur microbiote, ce dernier pouvant en outre être associé à un type d’alimentation. Les bactéroïdes, par exemple, dominaient dans le groupe des gros mangeurs de protéines et de gras animaux. Sauf que depuis, on s’est aperçu que ce n’était pas le cas! Il y a en fait tout un continuum d’entérotypes entre les personnes. Que peut-on en déduire? Pour l’instant, on ne le sait pas.

La recherche avance, mais à tâtons, malgré le très grand nombre d’études (plus de 22 000 publiées depuis cinq ans!). Pour étudier nos bactéries (dont la plupart meurent si on les met à l’air libre), les chercheurs doivent recourir à des techniques complexes de métagénomique et de bioinformatique pas évidentes à maîtriser. Or, le microbiome est aussi un sujet de recherche très à la mode. Du coup, de nombreux scientifiques réussissent à faire financer des études plus ou moins bien faites sur ce sujet, que les revues savantes publient sans trop de précautions, car elles savent qu’elles s’attireront ainsi des lecteurs. Toutes ces études sont ensuite portées à la connaissance des non-spécialistes par des journalistes ou divers commentateurs, qui omettent souvent de les transmettre avec toutes les précautions qui s’imposent.

Dans un éditorial publié également dans Nature (sous le titre «Microbiome Science Needs a Healthy Dose of Skepticism»), William Hanage, épidémiologiste de Harvard, suggère donc cinq questions à se poser au sujet des études relatives au microbiome:

  • mesure-t-on quelque chose de vraiment significatif (les analyses du microbiome reposent surtout sur la détection d’un gène des bactéries, le 16sRNA, qui peut amener à mal extrapoler le résultat)?
  • voit-on une corrélation ou un lien de cause à effet (notamment entre l’alimentation et les types de bactéries présentes)?
  • cherche-t-on à expliquer le mécanisme en cause (corollaire de la question précédente, puisqu’on peut établir des corrélations entre à peu près n’importe quels phénomènes sans que ce soit significatif)?
  • à quel point l’expérience reflète-t-elle la réalité (un effet sur le microbiome a-t-il un effet sur la santé? Ce qu’on observe sur des souris se vérifie-t-il sur l’humain?)?
  • et enfin, une autre explication aux observations est-elle possible?

Tous ceux qui rapportent des études sur le microbiome devraient se poser ces questions et prévenir leurs lecteurs des incertitudes!

L’histoire des sciences, particulièrement en ce qui a trait à la santé, est remplie de ces découvertes que l’on a présentées comme révolutionnaires, avant de s’apercevoir, après quelques années, que tout n’était pas si simple que cela. Vous vous souvenez des miraculeux suppléments d’oméga-3? De la thérapie qui allait permettre de guérir toutes les maladies génétiques? Des médicaments sur mesure pour chaque personne? Passée l’excitation initiale que provoquent des découvertes surprenantes et prometteuses, la dure réalité de la science finit rapidement par reprendre le dessus: tout est souvent plus compliqué que ce à quoi on s’attendait, et les avancées, quoique bien réelles, sont nettement moins spectaculaires que ce qu’on s’imaginait.

Entre-temps, bien des petits rusés ont flairé le bon filon et vous promettent monts et merveilles en s’en mettant plein les poches. On en est là avec le microbiome, qui a donné naissance à un business florissant de suppléments alimentaires, probiotiques, livres de recettes censées soigner votre «deuxième cerveau» ou «ce nouvel organe». Méfiance!

Comme le rapporte Marianne Desautels-Marissal dans son livre, le microbiologiste Jonathan Eisen s’amuse même à décerner un «Overselling the Microbiome Award» à ceux qui, même parmi les scientifiques, vont trop loin, en prétendant par exemple qu’un microbiome déséquilibré fait baisser la libido!

Pour l’instant, la meilleure manière de prendre soin de son microbiome — et indirectement de soi, puisque c’est quand même ça le but! — semble reposer sur une mesure bien simple et qui n’a rien de nouveau: avoir une alimentation diversifiée et équilibrée, c’est-à-dire, pour la majorité des Nord-Américains, manger surtout moins de sucres et de produits transformés.

Fort heureusement, on n’a pas besoin pour cela de compter sur des «superaliments» — autre terme sans grande signification scientifique, mais qui fait bien vendre certains produits à des prix inaccessibles pour la majeure partie de la population — ni sur des recettes compliquées à base de produits exotiques qu’il faut un temps fou pour mitonner.

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4 commentaires
Les commentaires sont fermés.

moi j ai la Myasthenie ;maladie auto-immune qui empeche les nerfs de bien faire leurs connection avec les muscles,,,je dois depuis juin prendre de fortes dose de cortisone ,de cellcept(anti-rejet)et du mestinon je m inquiete justement de ma flore intestinale a cause de tous les effets secondaires,,,ya-t il des choses qui m aideraient a la garder assez efficace??merci!:)

Merci Madame Valérie Borde, info claires, je viens de l’Asie, je ne mange pas souvent de produits laitier,
je cuisine et mange plus à domicile, je prendre 5 à 7 portions légumes et fruits,mes protéines sont environ 100 grammes par jour( les noix, fruites de mers surtout du Qc ou Canada), j’ai les allergies avec blocage nasale souvent, alors je consulte une acupuncteure au mois, je prend aussi les médicaments, je me sent bien à condition de manger les soupes et les sautés aux légumes faits maison tout les jours. En Asie on mange + selon le yin et yang…je suis contente de voir les salades fermentées sont bonnes pour notre 2e cerveau, c’est mon plat préféré.
Bonne chance à Mme Anne Girard, avez -vous une nutritionniste?
KN Phan

Au sujet des études faites et dont le résultat est supposé faire des miracles, alors que 4 ou 5 ans plus tard on nous dit le contraire, je crois que le mieux c’est : Dans le doute, abstiens-toi;ce qui ns vaut parfois une résistance de la part de la dre…

Bonjour Madame Borde,
Je ne peux pas commenter dès maintenant le présent article car je ne suis précipiter sans attendre sur votre « grand reportage » du 26 février 2010 et dont vous avez mis le lien au tout début.
Je profite donc de cette occasion pour souligner l’excellence de celui de 2010. Je l’ai trouvé très instructif, bien écrit, concis et bien documenté avec de nombreux liens et références scientifiques. Les nombreuses rencontres avec les sommités dans le domaine témoignent de votre professionnalisme.
À ceux et celles qui désirent connaître les tenants et aboutissements des recherches sur le microbiome, j’en recommande fortement la lecture.