Faut-il avoir peur… que les animaux nous transmettent la COVID ?

On sait que le coronavirus a été transmis à l’homme par un animal, mais on ignore encore lequel. On sait aussi que le virus se propage avant tout d’une personne à une autre, et pas par l’intermédiaire des animaux. La suite avec notre chef du bureau science et santé.

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Avec l’humain, le SRAS-CoV-2 a trouvé un hôte de rêve qui lui a permis de coloniser la planète en quelques mois. Risque-t-il maintenant de repasser chez des animaux, de les décimer ou d’y muter, avant de nous réattaquer dans une version modifiée contre laquelle les vaccins en développement ne pourraient rien ? Avant de paniquer à l’idée de ce scénario catastrophe, voyons où on en est.

Chats, chiens et animaux de labo

Depuis le début de la pandémie, l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE) recense tous les cas où le SRAS-CoV-2 a été trouvé chez des animaux. Les nouvelles sont très rassurantes pour les propriétaires de chiens et de chats : moins de 10 chiens ont été infectés dans le monde à ce jour, dont un en Ontario en octobre, alors qu’il y aurait près de 500 millions de ces animaux de compagnie et que 53 millions d’humains ont déjà contracté le virus. Les chiens ont été vraisemblablement contaminés par leurs propriétaires, n’ont eu aucun symptôme et n’ont pas transmis le virus à d’autres animaux ou humains.

Quelques dizaines de chats (sur une population estimée à 600 millions) ont aussi été contaminés. Certains ont eu des symptômes respiratoires, manquaient d’appétit ou étaient léthargiques, mais tous s’en sont rapidement remis. Une poignée d’autres félins gardés dans des zoos — des lions et des tigres — ont été infectés et ont réagi au virus de la même manière que les chats. Ce sont presque toujours des personnes infectées, symptomatiques ou non, qui ont transmis le virus à l’animal, mais il est aussi arrivé quelques fois que des félins se contaminent entre eux. 

Aucun cas où un chien, un chat ou un autre félin aurait contaminé un humain en retour n’a été rapporté.

On sait que le virus est d’abord apparu chez un animal. Dans la nature, des coronavirus infectent régulièrement de nombreuses espèces de mammifères et d’oiseaux — les chauves-souris, en particulier. Deux coronavirus ayant des séquences génétiques proches de celle du SRAS-CoV-2 ont été retrouvés chez des chauves-souris du Yunnan, mais les analyses génétiques montrent que la divergence entre ces virus animaux et celui qui infecte aujourd’hui l’humain pourrait s’être produite entre 1949 et 1982. On ne connaît donc pas le ou les réservoirs animaux du SRAS-CoV-2. 

Au printemps, des chercheurs ont aussi décelé un virus très semblable chez des pangolins, mais rien ne prouve que ces animaux aient joué un rôle dans son passage à l’humain. L’Organisation mondiale de la santé vient d’ailleurs d’annoncer une nouvelle mission pour s’attaquer au mystère de l’origine du SRAS-CoV-2. Aucune réponse définitive n’arrivera avant des mois, voire des années.

Mais une chose est certaine : le SRAS-CoV-2 a trouvé chez l’humain un hôte de choix, et le virus se propage avant tout d’une personne à une autre, et pas par l’intermédiaire des animaux.

Des expériences en laboratoire ont par ailleurs permis de mesurer à quel point le virus est capable d’infecter différents animaux. Les chercheurs ont trouvé que le SRAS-CoV-2 ne parvient pas du tout à se répliquer dans le corps des cochons, des poulets et des canards. Il se multiplie un peu chez les chiens et nettement plus chez les furets et les chats. En infectant ces animaux avec des doses massives de virus puis en laissant ceux-ci en contact rapproché, on a confirmé qu’ils peuvent développer des troubles respiratoires et que les chats, mais pas les furets, peuvent se contaminer entre eux par voie aérienne.

On a aussi cherché quels animaux ont des récepteurs sur leurs cellules qui pourraient ressembler aux récepteurs ACE2 par lesquels le SRAS-CoV-2 pénètre dans les cellules humaines. Les chevaux et les vaches en possèdent, mais rien ne prouve qu’ils puissent être infectés par ce virus, et aucun cas n’a été trouvé dans les élevages. 

Pour trouver de bons modèles animaux pour réaliser des essais précliniques de vaccins ou de traitements contre la COVID, des chercheurs ont par ailleurs réussi à infecter des macaques, qui ont développé une maladie semblable à la COVID, ainsi que des furets, des ouistitis, des hamsters, des musaraignes, des lapins et des chauves-souris. Ils ont aussi modifié des souris pour pouvoir les utiliser comme modèles, ces animaux n’étant pas naturellement sensibles au SRAS-CoV-2.

Tuer les visons pour sauver les vaccins

Les seuls animaux d’élevage chez lesquels le SRAS-CoV-2 a été trouvé sont des visons, élevés pour leur fourrure, qui ont été contaminés par des humains dans plusieurs pays d’Europe. Dès ce printemps, des éleveurs ont décelé des symptômes respiratoires et une mortalité inhabituelle chez les visons. Aucun cas de vison contaminé n’a été signalé dans les quatre élevages que compte le Québec, mais des cheptels américains ont été touchés. 

Le 10 novembre, une étude publiée dans Science a confirmé, à l’aide d’analyses génétiques, que des visons d’élevage avaient à leur tour infecté des humains aux Pays-Bas ainsi que des chats errants. Les chercheurs ont aussi découvert cinq souches distinctes du SRAS-CoV-2 chez les visons de 16 fermes, preuve que le virus a muté au sein des élevages. Heureusement, aucune n’a donné une maladie plus grave aux humains, aux chats ou aux visons, et les personnes contaminées n’ont pas transmis les virus mutés dans leur communauté. Les Pays-Bas ont annoncé vouloir mettre fin à l’élevage de visons dès janvier prochain.

Au Danemark, le gouvernement veut déjà abattre la totalité des 12 millions de visons que comptent les 1 137 élevages du pays. Comme aux Pays-Bas, plusieurs mutations du virus se seraient produites, selon un compte-rendu qui n’a pas encore fait l’objet d’une publication scientifique. Les chercheurs ont trouvé que, dans la région du Jutland, 12 personnes ont contracté une souche mutée qui semble particulièrement inquiétante, puisque, en laboratoire, elle s’est révélée moins sensible à des anticorps prélevés chez d’autres personnes ayant déjà eu la COVID au cours des derniers mois. Dans ce cas, la mutation affecterait la fameuse protéine S, la clé qui permet au SRAS-CoV-2 d’entrer dans nos cellules.

« Il y a un risque bien réel qu’une mutation sur cette protéine ait un effet sur l’efficacité des vaccins en phase finale de développement, qui ciblent tous différents sites particuliers de la protéine S ou cette protéine au complet », explique Guy Boivin, titulaire de la Chaire de recherche du Canada sur les virus en émergence et la résistance aux antiviraux à l’Université Laval. Une mutation du virus qui modifierait la partie de la protéine ciblée par un vaccin pourrait rendre celui-ci un peu, ou beaucoup, moins efficace, comme cela se produit quand le vaccin contre l’influenza cible une souche du virus qui n’est pas celle qui circule. 

« C’est pour cela qu’il est très important d’avoir plusieurs vaccins, qui ciblent différents sites de la protéine. Il est important également qu’on poursuive le développement de nouveaux vaccins qui pourraient cibler une protéine située moins en surface du virus et qui pourrait être ainsi moins exposée à des mutations », explique le chercheur, qui croit aussi que le développement de thérapies, comme des antiviraux, pourrait aider à combler les limites des vaccins pour juguler la pandémie.

Il est donc crucial de savoir quels animaux pourraient jouer le rôle de réservoir et donner naissance à de nouvelles mutations du virus. Pour l’instant, seuls les visons d’élevage semblent avoir cette capacité. Mettre fin à cette industrie limiterait manifestement les risques.

Et les animaux sauvages ?

Maintenant qu’il s’est répandu sur toute la planète, le SRAS-CoV-2 pourrait-il infecter des animaux sauvages ? Dans une étude publiée la semaine dernière dans Science of the Total Environment, des chercheurs avancent que divers mammifères marins, dont des baleines, des phoques, des dauphins et des marsouins, qui ont des récepteurs ACE2 assez semblables à ceux des humains, pourraient être sensibles au SRAS-CoV-2.

Stéphane Lair, vétérinaire spécialiste de la santé de la faune sauvage à l’Université de Montréal, est plutôt rassurant. « Pour que ces animaux puissent être contaminés, il faudrait que le virus se retrouve dans leur environnement sous une forme infectieuse et avec une concentration suffisamment élevée pour permettre une infection », explique-t-il. Si, en théorie, on ne peut pas exclure que cela puisse arriver, les risques semblent toutefois très minces.

Selon une recension publiée par l’Institut national de santé publique du Québec, aucune étude n’a encore fait état de la présence du SRAS-CoV-2 dans des eaux de surface ou souterraines, même si une étude italienne a trouvé des fragments d’ARN du virus dans une rivière possiblement contaminée par des eaux usées non ou mal traitées.

« Autre fait rassurant, on n’a trouvé jusqu’à présent aucun signe d’une hausse de mortalité inexpliquée chez des mammifères sauvages, même chez ceux qui vivent en contact étroit avec les humains, précise Stéphane Lair. Si cela s’était produit, on le saurait déjà, car la santé des animaux sauvages est suivie de près. »

Le chercheur commence tout juste une étude qui permettra de tester 500 mammifères du Québec et de l’Ontario, représentants de différentes espèces, pour voir s’ils sont porteurs du SRAS-CoV-2. Une attention particulière sera portée aux animaux qui vivent en contact plus étroit avec les humains, comme les mouffettes, les écureuils ou les ratons laveurs, ainsi qu’à ceux qui ont un comportement grégaire et qui pourraient courir plus de risques de se contaminer mutuellement.

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