Les mathématiques à la rescousse
Imaginez qu’un laboratoire reçoive un million de prélèvements nasaux pour dépister la COVID-19, mais qu’un seul échantillon soit contaminé. Combien de tests faudra-t-il effectuer pour être certain de le trouver ? Si vous posez la question au biomathématicien camerounais Wilfred Ndifon, la réponse sera 38.
Avec ses collègues de l’Institut africain des sciences mathématiques et le soutien financier du Centre de recherches pour le développement international (CRDI), ce chercheur a mis au point un modèle mathématique pour optimiser de façon considérable le processus de dépistage. Le principe de base : mélanger les échantillons avant de les tester.
Cela peut sembler contre-intuitif. Il faut toutefois savoir que la vaste majorité des tests de dépistage effectués dans le monde sont négatifs. Ainsi, si vous mélangez 10 échantillons dans un seul test, il y a de fortes chances que le résultat soit négatif. Vous pouvez alors passer au prochain groupe de 10. En cas de résultat positif, il suffit de tester un à un les échantillons présents dans le groupe pour trouver le ou les prélèvements infectés.
Cette méthode, appelée « dépistage sur mélange d’échantillons », réduit les coûts, mais surtout le temps requis pour tester un grand nombre de personnes. « Lorsqu’on se bat contre une maladie qui se propage aussi vite que la COVID-19, être capable d’établir rapidement et massivement qui sont les personnes infectées est la clé pour prendre le dessus sur l’épidémie », rappelle Wilfred Ndifon.
Plusieurs États, dont Israël et les États-Unis, utilisent diverses variantes du dépistage sur mélange d’échantillons. L’approche de Wilfred Ndifon et ses collègues se distingue toutefois d’une manière importante : elle s’appuie sur un algorithme capable de trouver le ou les prélèvements infectés sans qu’il soit nécessaire de tester à nouveau l’ensemble des échantillons en cas de résultat positif. La méthode requiert quelques manipulations supplémentaires avant qu’on puisse procéder au test, mais « ce n’est rien de complexe pour un technicien de laboratoire », assure Leon Mutesa, professeur de génétique à l’Université du Rwanda, qui a testé l’algorithme en laboratoire pour dépister la COVID-19.
Les résultats, qui ont démontré la rapidité et le très faible taux d’erreur de la méthode, ont convaincu le gouvernement rwandais d’adopter ce modèle de dépistage par mélange. Cela a permis à l’État de tester, en date du 23 juillet, un total de 231 186 personnes et de contenir — pour le moment — l’épidémie, avec 1 070 cas et cinq décès.
De déchets à désinfectant
Depuis l’arrivée de la COVID-19 en Côte d’Ivoire, le défi n’est pas de trouver du gel désinfectant, mais d’en acheter. « Il y a eu une flambée des prix, qui ne sont plus à la portée de la majorité de la population », dit Kouassi Benjamin Yao, professeur à l’Institut national polytechnique Félix Houphouët-Boigny, situé dans la capitale du pays, Yamoussoukro.
Heureusement, le chercheur a une solution : fabriquer du gel antibactérien à faible coût dans son laboratoire à partir de déchets agricoles.
En collaboration avec l’Institut national de la recherche scientifique au Québec et grâce au financement du CRDI, le professeur étudie la valorisation des déchets agricoles, dont la mélasse issue de la transformation de la canne à sucre et de la pomme de cajou, que les agriculteurs ivoiriens laissent pourrir dans les champs. Ces deux résidus contiennent des sucres pouvant être transformés en éthanol, principal ingrédient du gel hydroalcoolique. L’équipe de Kouassi Benjamin Yao n’a eu qu’à ajouter quelques substances afin de produire un excellent gel désinfectant pour les mains.
À ce jour, plus de 15 000 litres de solution et de gel hydroalcooliques ont été fabriqués ainsi. Ils n’ont pas été vendus, mais distribués gratuitement aux autorités ivoiriennes et à des organismes sans but lucratif.
Et, comme certaines des pommes de cajou récupérées par le laboratoire sont en bon état, l’équipe produit aussi du jus de cajou, une boisson riche en vitamine C qui, selon Kouassi Benjamin Yao, « goûte le miel ».
Un test à un dollar
Un essai est en cours au Sénégal pour tester une trousse de dépistage de la COVID-19 capable de donner un résultat en moins de 10 minutes. Son coût : à peine un dollar américain, ce qui en ferait un outil beaucoup plus abordable pour les États africains que les tests traditionnels, dont le prix est de plusieurs dizaines de dollars.
La trousse a été mise au point par la société anglaise Mologic, en collaboration avec DiaTropix, un laboratoire de Dakar, la capitale du Sénégal. Si les essais sont concluants, plus de quatre millions de ces tests pourraient être produits en un an.
Une piste de remède à Madagascar ?
Un président qui vante les mérites d’un remède miracle contre la COVID-19, cela vous rappelle quelque chose ?
L’histoire ne se déroule pas à la Maison-Blanche, mais à Madagascar. Le chef d’État malgache, Andry Rajoelina, 46 ans, a convoqué la presse le 20 avril dernier pour lancer Covid-Organics, une tisane d’herbes médicinales supposément capable de prévenir et de guérir la maladie qui terrasse le monde. À preuve : deux personnes ont été traitées avec succès, a affirmé le politicien en prenant une rasade de la boisson ambrée devant les caméras.
La tisane a été élaborée par l’Institut malgache de recherches appliquées, qui étudie les plantes médicinales depuis plus de 60 ans. Les ingrédients qui la composent sont tenus secrets, à l’exception de l’Artemisia annua (armoise annuelle), une plante herbacée originaire de Chine. Son extrait, l’artémisinine, est utilisé par l’industrie pharmaceutique dans des médicaments contre le paludisme, et des études ont également démontré son efficacité contre l’agent pathogène responsable de l’épidémie de SRAS des années 2000, un autre coronavirus.
Intriguée par ces résultats, une équipe de l’Institut Max Planck des colloïdes et des interfaces, en Allemagne, a testé l’artémisinine en laboratoire contre le virus de la COVID-19. Les travaux, publiés en juin et non révisés par les pairs, montrent que l’extrait limite la reproduction du virus lorsque mélangé à de l’alcool ou du café. Un essai clinique est en cours aux États-Unis afin de valider ces résultats chez les humains.
Ces recherches sont toutefois sans lien avec la tisane Covid-Organics, qui est désormais le traitement de base contre la COVID-19 à Madagascar. Le pays a également fait don de dizaines de milliers de doses à plus de 20 États africains, comme en témoignent les nombreuses photos de cargaisons publiées par Andry Rajoelina sur Twitter. Les Émirats arabes unis ont même échangé des bouteilles de Covid-Organics contre du matériel médical !
Devant cet engouement, le bureau africain de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a rappelé l’importance de ne pas utiliser de traitement dont l’efficacité et la sécurité n’ont pas été démontrées scientifiquement, et a invité Madagascar à mener des essais cliniques rigoureux avec son produit Covid-Organics.
En attendant le résultat de telles études, le président Andry Rajoelina ne tempère en rien son enthousiasme. Il a récemment annoncé sur Twitter le lancement de COV+, une formule en gélules de Covid-Organics. Apparemment, la boisson a un goût particulièrement amer.
Les leçons de l’Ebola
Lorsque la pandémie de COVID-19 s’est déclenchée, la République démocratique du Congo (RDC) savait quoi faire. C’est l’un des rares avantages de s’être battu contre le virus Ebola.
Depuis bientôt deux ans, cet État de 100 millions d’habitants lutte contre l’une des pires épidémies d’Ebola de l’histoire, une maladie infectieuse qui, comme la COVID, n’a pas de traitement, malgré des avancées importantes. Le virus, qui a fait plus de 2 260 morts au cours de cette seule vague, était heureusement maîtrisé quand la pandémie de COVID-19 a commencé.
Dès la mi-janvier, les points de contrôle sanitaire installés dans les aéroports, les ports et les postes-frontières de cet immense pays — le deuxième plus vaste du continent après l’Algérie — pour éviter la propagation de l’Ebola ont pu être utilisés pour la COVID-19. Des campagnes faisant la promotion des mesures d’hygiène à respecter étaient déjà en cours dans la plupart des provinces — une mesure qui s’applique aux deux virus. Et comme des laboratoires possédaient déjà l’équipement nécessaire, la RDC a été l’un des 20 premiers pays d’Afrique en mesure de dépister la COVID-19.
L’un des grands apprentissages tirés de l’Ebola est l’importance de la santé mentale. « Il faut s’en préoccuper dès que l’épidémie commence », affirme le psychologue Oléa Balayulu Makila, qui travaille au sein de l’équipe gouvernementale chargée de la riposte contre la COVID-19 en RDC.
Pour limiter les séquelles chez les malades et les proches des victimes, bien entendu, mais aussi pour limiter la propagation. L’Ebola, tout comme la COVID-19, suscite dans la population une « peur généralisée » qui peut causer un « déni » de la maladie ou même des « violences » envers les patients et le personnel soignant. « Ces comportements augmentent les risques de contagion », d’où l’importance de s’en préoccuper dès le début, dit le psychologue.
Apporter du soutien psychologique durant une épidémie n’est toutefois pas chose facile. Pensez simplement à la première rencontre, qui doit parfois se faire avec un masque, des gants et une visière… Bonne chance pour bâtir un lien de confiance !
Mais, avec le temps, les intervenants ont trouvé une foule de techniques pour s’adapter à la situation. Ainsi, pour briser la glace lors d’un premier rendez-vous, ils montrent une photo d’eux sans leur équipement de protection individuel, afin que les patients voient qui est l’humain derrière le masque.
Cette astuce, ainsi que tous les apprentissages faits sur le terrain pendant la lutte contre l’Ebola, a été consignée par des chercheurs de la RDC, de la France et du Canada afin de créer un guide gratuit d’intervention psychologique en cas de maladies infectieuses. « Il est adapté à tous les États aux prises avec une épidémie », assure Jacqueline Bukaka, professeure de psychologie à l’Université de Kinshasa, qui a participé à ce projet financé par le CRDI.
Le guide est offert gratuitement en ligne afin de le rendre accessible au plus grand nombre d’intervenants possible, à commencer par ceux de la RDC.
Comme bien d’autres pays dans le monde, la République démocratique du Congo manque de ressources pour fournir les services psychologiques dont sa population a besoin. Le guide permet de communiquer rapidement les meilleures pratiques aux intervenants sur le terrain, où la situation est désormais critique.
Car, après quelques mois d’accalmie, un nouveau foyer d’infection à virus Ebola a éclaté en juin. Le pays doit donc affronter une double épidémie, avec plus de 8 700 cas officiels de COVID-19. Appliquer les leçons apprises des épidémies passées est plus urgent que jamais.
Ce reportage a été réalisé grâce au soutien du Centre de recherches pour le développement international (CRDI).
Cet article a été publié dans le numéro de septembre 2020 de L’actualité.
