Les vaccins viendront-ils à bout des variants ?

Le SRAS-CoV-2 continue de muter, devenant potentiellement plus résistant. Un vaccin « universel » pourrait contrer tous les variants du virus. Or, les sociétés pharmaceutiques s’intéressent peu à cette solution.

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La course au vaccin a été lancée dès janvier 2020, alors que le monde ne connaissait qu’une souche de COVID-19. Dans les labos de Pfizer et de Moderna, par exemple, les chercheurs ont copié un morceau du matériel génétique du virus, sa molécule d’acide ribonucléique (ARN), qu’ils ont stabilisée en l’enrobant de particules de gras. Du côté d’AstraZeneca et de Johnson & Johnson, les scientifiques ont plutôt accroché ce même morceau d’ARN à un vecteur viral. Le brin d’ARN sélectionné est celui qui code pour la protéine de spicule du SRAS-CoV-2, celle qui est à la surface du virus et qui se lie aux récepteurs ACE2 de nos cellules pour les infecter. 

Des vaccins moins efficaces ?

Puis, en mars 2020, le variant D614G a été découvert. Comme il porte une mutation située dans la partie de l’ARN qui code pour la protéine de spicule, les sociétés pharmaceutiques ont aussitôt lancé les premiers tests permettant d’évaluer si leurs vaccins auraient la même efficacité contre cette nouvelle souche. 

Il s’agissait de vérifier, en laboratoire, quelle quantité d’anticorps neutralisants est engendrée quand on place la nouvelle souche au contact du sérum (la fraction du sang qui contient les anticorps) de personnes déjà vaccinées, et de la comparer à la quantité engendrée lorsqu’on met l’ancienne souche au contact du même sérum. On peut aussi utiliser le sérum d’animaux de laboratoire auxquels on a inoculé le vaccin, ou bien, à la place de la nouvelle souche, tester des pseudovirus, des assemblages qui contiennent juste la partie de l’ARN qui a muté.

Avec D614G, les labos ont eu une bonne surprise : ils ont découvert que cette souche engendrait encore plus d’anticorps neutralisants que la précédente ! Ils ont donc continué la mise au point de leurs vaccins sans rien changer.

Quand, à l’automne, trois autres variants ont vu le jour, les sociétés pharmaceutiques ont recommencé ces tests. Il est apparu assez rapidement que le variant anglais, B.1.1.7, ne poserait pas de gros problème pour les vaccins actuels, même s’il a créé un peu moins d’anticorps neutralisants que D614G. 

Les variants sud-africain et brésilien, eux, se sont avérés plus problématiques, car ils ont engendré beaucoup moins d’anticorps neutralisants, et ce, avec tous les vaccins. La difficulté semble venir d’une mutation commune à ces deux variants, E484K, que l’on retrouve aussi dans plusieurs des variants découverts au cours des dernières semaines… mais pas dans B.1.1.7.

Cette forte baisse du taux d’anticorps face à un variant est un signal d’alarme indiquant qu’un vaccin risque de ne pas être aussi efficace contre celui-ci… Mais tout n’est pas perdu. D’une part, il se peut que la quantité d’anticorps reste largement suffisante pour que le vaccin soit quand même tout aussi performant. D’autre part, les anticorps ne constituent qu’une partie de la réponse immunitaire ; le reste est assumé par les cellules T, qu’on peut également essayer de doser. Le problème, c’est qu’on ne connaît pas le nombre et le type précis d’anticorps et de cellules T qu’une personne doit produire pour être immunisée (ce qu’on appelle les corrélats de protection). Décortiquer tout cela est extrêmement complexe, car des milliers de sous-types d’anticorps et de cellules T combinent leurs actions pour orchestrer la réponse immunitaire. 

Pour avoir une réponse plus claire, il faut aussi mener différents types d’études épidémiologiques. Dans certaines, on peut mesurer combien de gens ont contracté un variant et combien ont été infectés par la souche d’origine après avoir été vaccinés. D’autres évalueront si, quand une souche se met à circuler plus qu’une autre, plus de personnes attrapent le virus malgré le vaccin. D’autres encore vont comparer des gens vaccinés et non vaccinés dans une région où un nouveau variant s’est imposé. Tout cela est long et complexe, et fournit le plus souvent juste une partie du portrait. 

Depuis la fin 2020, des dizaines d’études de laboratoire et plusieurs études épidémiologiques ont été publiées à ce sujet sur tous les vaccins actuellement utilisés, et les sociétés pharmaceutiques ont aussi des résultats qu’elles n’ont pas encore publicisés, ainsi que d’autres qu’elles ont juste annoncés par des communiqués sans en avoir publié les détails dans des revues savantes. Il est donc très difficile d’y voir clair. 

Jusqu’à présent, une seule étude épidémiologique, menée sur seulement 750 personnes en Afrique du Sud, a constaté un net déclin de l’efficacité d’un vaccin, celui d’AstraZeneca, contre le variant sud-africain. Les gens vaccinés dans le cadre de cette étude ont été presque aussi nombreux à attraper le virus que ceux qui avaient reçu un placebo. Comme aucun cas grave de COVID-19 n’a été observé dans les deux groupes (constitués de gens assez jeunes), on ne peut pas savoir si le vaccin est moins bon pour éviter les formes graves de la maladie. Il faudra voir si d’autres études confirment ces observations. Mais d’ores et déjà, par précaution, on essaie de plutôt utiliser d’autres vaccins là où ce variant circule fortement ; c’est le cas en Afrique du Sud, mais aussi, par exemple, en Abitibi et dans un département de France.

« La plupart des vaccins devraient rester quand même efficaces contre les variants actuels, car quelques mutations ne suffiront probablement pas pour affaiblir radicalement la réponse immunitaire », estime l’immunologiste Denis Leclerc, qui met au point de nouveaux vaccins contre l’influenza et la COVID au Centre de recherche du CHU de Québec – Université Laval.

Jesse Shapiro, spécialiste de l’évolution des virus, et Denis Leclerc croient cependant que, à mesure que de plus en plus de gens seront immunisés, par les vaccins ou parce qu’ils auront déjà eu la COVID, le SRAS-CoV-2 risque d’évoluer vers des variants équipés de plus de mutations aptes à échapper à la réponse immunitaire. « Pour freiner cette évolution, il faudra arriver à limiter la transmission du virus d’une personne à l’autre en maintenant la distanciation ou en vaccinant au plus vite le plus grand nombre de gens possible », ajoute Jesse Shapiro.

Étaler les doses est une bonne idée

Au Québec comme à d’autres endroits, les autorités ont choisi de reporter la deuxième injection des vaccins à deux doses. On maximise ainsi le nombre de personnes pouvant en recevoir une première dose, qui est déjà très efficace. Cette stratégie pourrait encourager l’émergence de variants, mais Jesse Shapiro croit que le risque est mince. Et de toute façon, il serait plus imprudent de laisser de grands pans de la société sans aucune protection, puisque cela permettrait au virus d’infecter plus de gens, et donc de muter plus vite. « Les personnes qui vont attraper la COVID après avoir eu une dose ne seront pas très nombreuses, puisque l’efficacité de cette protection reste élevée, et il n’y a pas de raison de penser qu’elles garderont le virus dans leur corps plus longtemps que si elles avaient eu leurs deux doses. Il n’aura donc pas beaucoup de temps pour y muter », explique-t-il. 

Les variants ont plus de chances d’émerger quand un virus reste longtemps dans le corps d’une personne au système immunitaire affaibli, ce qui lui permet de se répliquer à de multiples reprises tout en résistant aux faibles pressions des anticorps et cellules T incapables de juguler l’infection. On pense d’ailleurs que c’est chez une personne immunosupprimée qu’est apparu le variant anglais. Néanmoins, croit Jesse Shapiro, on aurait intérêt à donner assez rapidement leur seconde dose aux personnes au système immunitaire affaibli, pour augmenter les chances qu’elles se débarrassent plus vite du virus si elles devaient quand même l’attraper.

Un variant peut aussi émerger en passant par une nouvelle niche écologique. C’est ce qui s’est produit au Danemark durant l’automne, quand des visons infectés par des humains ont retransmis à quelques autres personnes une forme mutée du virus. Ce variant a ensuite disparu, puisque les personnes contaminées ont été isolées et ne l’ont pas transmis. 

Faudra-t-il être vaccinés à répétition ? 

Dès janvier 2021, la société pharmaceutique Moderna a amorcé la mise au point d’un nouveau vaccin basé sur l’ARN du variant sud-africain. Des volontaires ont commencé à le recevoir début avril. Ce vaccin sera probablement efficace, puisqu’il a le même mode d’action que sa version précédente. Si c’est le cas, il pourra assurer une protection contre cette souche et peut-être aussi contre d’autres ayant la même mutation E484K, comme le variant brésilien. On verra si une seule dose agissant comme rappel sera suffisante, ou s’il en faudra deux.

On devra ainsi peut-être, au fil des ans, modifier régulièrement les vaccins pour faire face à de nouveaux variants qui pourraient émerger, un peu comme on le fait chaque année pour la grippe. Combien de fois et jusqu’à quand ? Impossible à dire, puisque cela dépend entre autres de la durée de protection conférée par les vaccins et par l’immunité naturelle, que l’on ne connaît pas encore, de l’efficacité des vaccins contre les divers variants en circulation, du nombre de gens qui seront immunisés et de la concurrence que les différentes souches se livreront. On pourrait aussi avoir des vaccins protégeant contre plusieurs souches à la fois, même si cela complique la fabrication et augmente le coût de revient.

« Si on parvient à diminuer nettement la circulation du virus, avec des vaccins relativement efficaces donnés à beaucoup de gens et en appliquant des mesures sanitaires pour contrer rapidement toute nouvelle éclosion là où les personnes ne sont pas vaccinées, on va réduire grandement les risques que de nombreux variants émergent », croit Jesse Shapiro. Plusieurs experts s’attendent ainsi à ce que, passé cette phase aiguë de la pandémie au cours de laquelle la majeure partie des gens ne sont pas immunisés du tout, le rythme d’émergence de nouveaux variants ralentisse. Si, au lieu d’en voir apparaître plusieurs en quelques mois, on observe un seul changement tous les deux, trois ans, le SRAS-CoV-2 deviendra plus facilement gérable. 

La meilleure option : un vaccin « universel »

Le virus de l’influenza est le seul pathogène humain qui suit une évolution semblable à celle qui s’annonce pour le SRAS-CoV-2. Il est également doté d’une protéine de surface, l’hémagglutinine, qui mute régulièrement et force ainsi chaque année à revoir la formulation du vaccin pour essayer de viser les variants qui seront les plus fréquents cette année-là. « C’est loin d’être la solution idéale, car on se retrouve avec des vaccins peu efficaces et qui ratent régulièrement leur cible », regrette Denis Leclerc. Le chercheur croit qu’il serait possible de faire bien mieux avec un vaccin dit « universel » ciblant aussi une partie du virus qui mute beaucoup moins souvent. « Tant qu’on attendra qu’une mutation se produise dans la protéine de surface pour concevoir un vaccin capable de la contrer, on sera toujours en retard », explique-t-il.

L’idée consiste à incorporer dans les vaccins le code d’une protéine située à l’intérieur du virus, qui engendrera une forte production de cellules T. Il agirait en même temps que le code de la protéine de surface. De cette manière, même si un variant ayant une protéine de surface un peu différente engendrait moins d’anticorps, les cellules T compenseraient. Et une fois leur recette gardée en mémoire, elles pourraient revenir combattre n’importe quel variant par la suite. Denis Leclerc a déjà ciblé une protéine présente à l’intérieur du SRAS-CoV-2, la nucléocapside, dont le code génétique pourrait jouer ce rôle complémentaire.

Pour la grippe, l’idée est dans l’air depuis plusieurs décennies, et de nombreuses publications scientifiques démontrent que cette piste a du potentiel. De grands labos de recherche publics s’y intéressent, ainsi que plusieurs petites entreprises de biotechnologie. En France, par exemple, la société Osivax a mis au point un vaccin contre la grippe qui combine une pseudoparticule virale capable de générer des anticorps contre la protéine H à une nucléoprotéine qui engendre une forte réponse cellulaire. Son vaccin est en phase 2 d’essais cliniques, et elle a commencé à tester la même approche contre le SRAS-CoV-2.

Pour l’instant, aucun gros producteur de vaccins n’a embarqué. « Vu leur modèle d’affaires, il est clair qu’ils n’ont aucun intérêt à remplacer un vaccin qu’on doit redonner périodiquement par un vaccin universel », dit Denis Leclerc. Aux prises avec un deuxième virus mutant régulièrement, et plus conscients des terribles ravages que peut entraîner une pandémie, les gouvernements arriveront-ils à pousser cette solution susceptible de minimiser les risques que pose l’évolution de ces deux virus ? À suivre…

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Il est bien difficile d’être optimiste. On n’a qu’à regarder ce qui se passe en Ontario et qui pourrait arriver au Québec pour constater que, même dans un pays qui réussi à vacciner, une augmentation exponentielle et éventuellement incontrôlable peut se produire. Et pendant ce temps au Brésil…

Une des hypothèses invraisemblables que des épidémiologistes font est que les populations pourront subir encore longtemps une telle répression de leur besoin de rencontres et d’actions. Donc ils négligent les effets psychologiques des mesures sanitaires. Mais aussi les conséquences économiques.
Malheureusement, je prédis une pandémie qui touchera la majorité de la population mondiale et causera un très grand nombre de morts et de séquelles.
Il est nécessaire que le Canada assure une étanchéité de ses frontières comme le font déjà certains pays, comme la Chine. Ce n’est pas facile mais il est possible d’y arriver.

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En effet comme le dit M. Leclerc; « Vu leur modèle d’affaires, il est clair qu’ils n’ont aucun intérêt à remplacer un vaccin qu’on doit redonner périodiquement par un vaccin universel ». Considérant que c’est ce modèle d’affaires qui engendre la crise actuelle depuis le début en mettant de l’avant la vaccination comme une panacée universelle à la pandémie et en discréditant fallacieusement sous une pseudo science plein de sophisme toutes les méthodes et thérapies qui peuvent être utilisées pour contrer la pandémie. D’ailleurs, on commence à entrevoir des ratés de la vaccination actuellement si on considère l’article de Zachary Stieber du EpochTimes dans lequel il évoque que : « des responsables fédéraux américains ont déclaré ce 15 avril que 5800 Américains ont contracté le COVID-19 alors qu’ils étaient entièrement vaccinés contre le virus qui le provoque. Les Américains ont contracté le virus, qui cause la Covid-19, malgré les deux doses du vaccin Pfizer ou Moderna, ou du vaccin à injection unique Johnson & Johnson, ont déclaré les responsables fédéraux du Centers for Disease Control and Prevention (CDC) au EpochTimes »
Sur les 5 800 personnes entièrement vaccinées qui ont été confirmées comme des cas dits « révolutionnaires », près de 400 ont dû être traitées dans les hôpitaux et 74 sont décédées. Un peu plus de 40 pour cent des infections concernaient des personnes âgées de 60 ans ou plus, et 65 pour cent étaient des femmes
De plus, les contrats qui lient Pfizer et Moderna à l’Union Européenne, rendus publiques récemment et qui totalisent pour une première ronde de vaccination, la rondelette somme 1,118 milliards d’euros n’est que la pointe de l’iceberg qui confirme la stratégie commerciale de ces multinationales. Et comme cette stratégie correspond entièrement à la façon de gérer une entreprise privée dans le système dans lequel nous vivons, ces entreprises ne sont pas tenues de respecter une éthique quelconque quant aux méthodes qui sont employées pour soutenir leurs commercialisations et encore moins de se préoccuper des effets collatéraux de ces actions à part celles de générer de profits aux actionnaires. Cette pandémie a donc le triste avantage de soulever un peu plus le voile de cette logique du système capitaliste en révélant ses effets extrêmes pour, éventuellement provoquer son implosion. Ce qui ne se fera pas sans d’importants dommages à la société occidentale et à l’humanité entière éventuellement.

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Cher Monsieur Degani,

Vous semblez informé, mais mal informé ou plutôt victime de désinformation. J’ai longtemps hésité et cherché le ton approprié. Comprenez, vous avez le droit de vous exprimer mais c’est aussi mon droit de lecteur et mon devoir de scientifique de rectifier poliment les faits. Veuillez m’en excusez.

D’abord, merci d’avoir cité votre source, j’ajoute un hyperlien au bénéfice des autres lecteurs (https://bit.ly/3v0TGvc). Je ne discuterai pas des comportements d’affaire des géants pharmaceutiques et du capitalisme que je trouve tout comme vous fort discutables. Cela dit, vous devriez vous méfier d’un journaliste qui parle du CCP virus (Chinese Communist Party virus) au lieu du SRAS-CoV-2, mais attachons nous aux faits concernant l’efficacité des vaccins et non aux impressions.

Dans son article, M. Zachary Stieber fait un gros titre avec une vraie information car les chiffres proviennent du Center for Disease Control (CDC). Toutefois, il présente ces chiffres comme «un raté grave» de la vaccination. C’est là que le journaliste désinforme… Il faut toujours se méfier des chiffres cités hors contexte. En fait, malgré que les chiffres sont impressionnants, quand on réfléchit deux minutes et que l’on fait un peu d’arithmétique, les faits prennent une tournure bien différente.

Premièrement, 5800 américains complètement vaccinés (i.e. 2 injections pour les vaccins à 2 doses) ont contracté la COVID-19. Gros chiffre en effet! Mais ce chiffre devient très petit quand on considère le nombre de personnes complètement vaccinées aux États-Unis qui est de 78 millions comme écrit plus loin dans l’article. On parle d’un taux de non efficacité vaccinale de 0.007% (5 800 /78 000 000 = 0.00007 => ce qui donne en multipliant par 100 donne 0.007 pourcent) donc 7 millième d’un pourcent ou une personne vaccinée sur 13 448.

Autrement dit, selon ces données, les vaccins seraient efficaces à plus de 99.99993 % (1-0.00007)*100 pourcent. A première vue ce chiffre semble bien meilleur que les 95% avancés par les études cliniques des meilleurs vaccins… Attention! L’explication probable ce n’est pas que les vaccins soient bien meilleurs que ne démontrent les études cliniques, mais que bien des cas d’infection au COVID-19 sont passés sous le radar car ils étaient trop bénins pour être signalés.

Ce qu’il faut surtout comprendre, c’est qu’aucun vaccin, comme n’importe quel médicament ou traitement, n’est efficace à 100 %. On parle ici de science pas de miracle!

Dans ce contexte, pas étonnant que 400 personnes très malades, car incapables de se défendre contre l’infection même avec l’aide d’un vaccin, se retrouvent à l’hôpital, on parle de 0.0005 % (400 / 78 000 000 * 100 pourcent) et 74 personnes sont décédées 0.000009 % (74 / 78 00000 * 100 en pourcent), ce qui représente moins d’un décès de la COVID-19 par million de personnes complètement vaccinées. Les vaccins sont efficaces mais ce ne sont pas des produits miraculeux. CQFD

Je vous laisse vérifier mes calculs car personne ni aucun vaccin n’est parfait.

Scientifiquement vôtre

Claude COULOMBE

Chère Madame Borde,

Excellente suite à votre article précédent. Je comprends que vous deviez saucissonner vos articles pour ne pas trop exiger de lecteurs dont la fenêtre d’attention et la disponibilité se réduit sans cesse.

Rendons hommages aux pionniers des vaccins à ARN qui devraient se mériter à la fois un Nobel de médecine et le Nobel de la Paix. À proprement dit, il s’agit d’une prouesse scientifique. Leur facilité de mise en oeuvre aidera sûrement à répondre rapidement à l’émergence de nouveaux variants. Les applications à d’autres maladies comme les vaccins anti-cancéreux sont également à surveiller.

Merci encore pour votre article éclairant

Scientifiquement vôtre

Claude COULOMBE

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Attention! Sur le milliard de vaccins administrés dans le monde, plus de 80% l’ont été dans des pays riches. Moins de 1% des doses ont été administrées dans des pays à faible revenu. Cela crée des zones d’infection qui peuvent produire des variants qui nous mettent tous en danger, riches et pauvres…

Scientifiquement vôtre

Claude COULOMBE

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