Variant indien double mutant : pas de panique !

En Inde, la pandémie a pris une tournure terrifiante. Le nombre de cas augmente de manière exponentielle depuis la mi-mars. On a compté 300 000 contaminations dans la seule journée de mercredi, pour laquelle les autorités ont déclaré un record de 2 000 décès de la COVID-19. Les hôpitaux manquent d’oxygène, entre autres choses. Selon le premier ministre Narendra Modi, cette deuxième vague en Inde a frappé le pays « comme un typhon ».

La planète entière craint que cette catastrophe soit due à un nouveau variant dit « double mutant », qui serait particulièrement redoutable. Ce variant baptisé B.1.617 a été séquencé pour la première fois le 5 octobre dernier, en Inde. Depuis, 22 pays ont déclaré sa séquence dans la base de données mondiale GISAID : l’Inde est à l’origine de la majorité des signalements, mais certains proviennent, entre autres, du Royaume-Uni, des États-Unis, de la Corée du Sud et de l’Australie. Ce n’était qu’une question de temps avant que des cas apparaissent au Canada. La Colombie-Britannique en a trouvé 39 depuis le début avril. Au Québec, on en a repéré un seul jusqu’ici, en Mauricie. 

Voici cinq choses à savoir :

1. L’Inde et ses habitants n’y sont pour rien

Si plusieurs qualifient ce variant d’« indien », c’est parce qu’il a d’abord été découvert dans ce pays. Cela ne veut pas dire que tous les cas retrouvés viennent de l’Inde, ni même que la mutation elle-même s’est produite en Inde. Il vaut donc mieux le désigner par son code scientifique, B.1.617, pour ne pas ostraciser les ressortissants indiens.

2. « Double mutant », ça ne veut rien dire 

Le B.1.617 a été qualifié de virus « double mutant », un terme qui peut causer des visions de film d’horreur. Or, cela signifie tout simplement qu’il possède deux mutations dans la partie de son génome qui code pour la protéine de spicule, celle par laquelle le virus se fixe aux cellules humaines. Cette appellation sensationnaliste est un non-sens, car les variants ont presque toujours plus d’une mutation. Parmi ceux qui circulent déjà, plusieurs ont aussi deux mutations dans cette zone. C’est le cas, entre autres, du B.1.351 (dit « sud-africain ») et du P1 (dit « brésilien »). De toute façon, la dangerosité d’un variant n’augmente pas nécessairement en fonction du nombre de mutations.

3. Un variant pas forcément plus transmissible que d’autres

Les mutations présentes dans la souche indienne sont déjà connues : la E484Q est très similaire à la E484K présente dans les variants B.1.351 et P1, alors que la mutation L452R a aussi été trouvée dans le génome du variant B.1.427 (dit « californien »). Cette évolution convergente des variants est plutôt rassurante, car elle indique que le virus continue de puiser dans la même « banque » de mutations pour évoluer. Cela pourrait signifier qu’il commence à être à court de nouvelles options.

Le variant B.1.617 est le premier à avoir ces deux mutations, dont on craint qu’elles puissent augmenter la transmissibilité ou la virulence du virus. On n’a pas la preuve que c’est le cas, mais il faut être très prudent et bien étudier ses effets. Pour l’instant, le B.1.617 n’a pas été classé comme un « variant préoccupant » (variant of concern ou VOC) par l’OMS, les CDC américains, l’INSPQ ou d’autres organisations. 

Rien ne prouve non plus, pour le moment, que cette souche soit en cause dans l’explosion actuelle de cas en Inde. Début février, le pays était tombé à moins de 10 nouveaux cas confirmés par jour et par million d’habitants, soit bien moins que la moyenne mondiale ou celle du Canada. La campagne de vaccination a commencé début janvier, puis les fêtes religieuses se sont succédé, occasionnant de grands rassemblements. Selon les médias nationaux, l’Inde subirait actuellement le contrecoup de ce relâchement, qui s’est produit à un moment où le variant B.1.1.7 (« britannique ») s’implantait dans ce pays dont seulement 8 % de la population a reçu au moins une dose de vaccin jusqu’à présent. 

Il faut également relativiser le nombre de cas par rapport à la population : 300 000 cas par jour, c’est énorme, mais dans un pays de 1,39 milliard d’habitants, cela ne représente « que » 216 cas par million d’habitants. En comparaison, l’Ontario a déclaré 252 cas par million d’habitants en date du 22 avril. La croissance exponentielle du nombre de cas quotidiens en Inde est cependant très préoccupante, surtout que les soins sont loin d’être aussi développés qu’en Ontario et que les conditions de vie y compliquent infiniment plus le respect des règles sanitaires.

Des experts indiens et étrangers interrogés par le magazine Nature se disent aussi inquiets, car l’épidémie est repartie de plus belle dans des régions du pays où on pensait qu’une bonne partie de la population avait déjà contracté la COVID lors de la première vague. Ils craignent ainsi que ce variant entraîne une certaine évasion immunitaire, c’est-à-dire qu’il puisse ne pas être reconnu par le système immunitaire des gens qui ont déjà été infectés par la souche précédente. On croit que la même chose pourrait s’être produite à Manaus, au Brésil, où les habitants auraient été massivement réinfectés avec le variant P1. 

Cependant, affirment les experts, l’Inde est loin d’arriver à exercer une surveillance étroite de tout cela, car ses capacités à séquencer les virus qui circulent et à analyser l’immunité de la population par des enquêtes sérologiques sont très déficientes par rapport à ce qu’on retrouve, par exemple, au Royaume-Uni ou au Canada. Dans ce pays surpeuplé où les conditions de vie sont déjà extrêmement précaires dans de nombreuses régions, y voir clair est un immense défi.

4. L’efficacité des vaccins n’est pas remise en question

Le ministre de la Santé du Québec, Christian Dubé s’est mal exprimé lorsqu’il a affirmé au Téléjournal qu’il n’y avait pas de vaccin contre le variant B.1.617. En réalité, il n’y a pas de vaccin spécialement conçu pour combattre ce variant : tous ceux qui existent ont été mis au point en réponse à la première souche découverte, début 2020. Cependant, il y a peu de risques que ces vaccins ne soient pas du tout efficaces contre B.1.617 ou les autres variants. Quand bien même ils n’empêcheraient pas toutes les infections, on pense qu’ils ont de bonnes chances de continuer à protéger largement contre les formes graves de la COVID-19, qui conduisent à des hospitalisations et à des décès.

On sait que la personne de la Mauricie chez qui le variant B.1.617 a été repéré avait reçu plusieurs semaines auparavant la première dose d’un vaccin contre la COVID. Cela n’indique pas que ce dernier est inefficace contre ce variant. Aucun vaccin ne protège 100 % des gens, et on ne devrait jamais s’inquiéter qu’une seule personne soit infectée après avoir été vaccinée, avec quelque variant que ce soit. C’est seulement si le nombre d’infections dans une population vaccinée dépasse ce qui est attendu qu’on doit s’en préoccuper. 

5. Il faut agir à la source, avant que d’autres variants ne se créent 

On sait que la personne infectée au B.1.617 en Mauricie n’a pas été gravement malade et qu’elle était en isolement quand le variant a été repéré, parce qu’un autre membre de sa famille avait déjà contracté la COVID. On ignore toutefois si ce cas est lié à un voyage. Il faudrait un très gros hasard pour qu’un variant ayant exactement la même séquence que le B.1.617 soit spontanément apparu ici, mais ce n’est pas impossible. Les variants peuvent émerger n’importe où et n’importe quand sur la planète, et d’autant plus que le virus circule.

Fallait-il pour autant interdire les vols en provenance de l’Inde et du Pakistan ? Cette solution pourrait, au mieux, abaisser les risques de manière temporaire, puisque ce virus circule dans au moins 22 pays. Il serait plus efficace de faire respecter strictement les quarantaines par tous les voyageurs qui entrent au Canada.

La vraie urgence consiste à offrir un soutien international bien ciblé aux pays comme l’Inde, afin de les aider à vacciner au plus vite une grande partie de leur population et à améliorer leurs capacités de séquençage pour une meilleure surveillance des variants. Car plus le virus circule dans un grand nombre d’hôtes, plus il a l’occasion de muter, et de muter encore.